Congés payés, arrêts maladie et absences : bien paramétrer son logiciel de paie
Acquisition des congés, maintien de salaire, subrogation et IJSS, absences non rémunérées : ce que le logiciel de paie doit gérer et les cas à tester avant de choisir.
Les absences sont le premier test d'un logiciel de paie : acquisition et prise des congés payés, arrêts maladie avec maintien de salaire, subrogation des indemnités journalières, absences non rémunérées et leur effet sur les bulletins et la DSN. Un outil qui gère mal ces cas vous fera perdre du temps chaque mois et produira des bulletins faux. Ce guide décrit ce que le logiciel doit savoir faire, les règles de base à connaître (avec les vérifications à effectuer, car elles ont évolué) et un jeu de cas à tester.
Les congés payés : acquisition, prise, indemnisation
Le principe général est l'acquisition de 2,5 jours ouvrables par mois de travail effectif, soit 30 jours ouvrables (cinq semaines) pour une année complète. La période de référence débute souvent le 1er juin et se termine le 31 mai, mais elle peut être différente selon l'entreprise ou la convention collective. L'indemnité de congés payés est calculée selon la plus avantageuse de deux méthodes : le maintien du salaire ou la règle du dixième de la rémunération brute de la période de référence. Un bon logiciel applique la comparaison automatiquement et affiche le détail.
Des évolutions législatives récentes (loi du 22 avril 2024) ont adapté le droit français au droit européen sur l'acquisition de congés pendant certains arrêts maladie et sur le report. Les règles précises (taux d'acquisition, plafonds, délais de report, application aux périodes passées) doivent être vérifiées sur Service-Public.fr et Légifrance, et sur votre convention collective. Demandez à l'éditeur comment son logiciel les applique, et à partir de quelle version.
| Paramètre | Question à poser à l'éditeur |
|---|---|
| Période de référence | Peut-on la paramétrer (1er juin, 1er janvier) ? |
| Unité de décompte | Jours ouvrables, jours ouvrés ou heures ? |
| Acquisition pendant les absences | Les règles récentes sont-elles intégrées ? |
| Fractionnement et ancienneté | Les jours supplémentaires conventionnels sont-ils gérés ? |
| Report | Gère-t-il le report et sa durée ? |
| Indemnité | Compare-t-il maintien de salaire et dixième ? |
Arrêt maladie : maintien de salaire et subrogation
Lorsqu'un salarié est arrêté pour maladie, l'Assurance maladie verse des indemnités journalières (IJSS) après un délai de carence, et la convention collective ou la loi peut imposer à l'employeur un maintien de salaire sous conditions d'ancienneté et de durée. Deux modes de fonctionnement coexistent :
- Sans subrogation : l'employeur verse le maintien de salaire, le salarié perçoit directement les IJSS de la caisse.
- Avec subrogation : l'employeur maintient le salaire et perçoit à la place du salarié les IJSS, après transmission des données par la DSN.
Le logiciel doit gérer le calcul du maintien (taux, durée, jours de carence), la déduction des IJSS lorsqu'il y a subrogation, le signalement d'arrêt via la DSN événementielle et le traitement fiscal et social des indemnités. Vérifiez comment il traite le complément de prévoyance lorsqu'un organisme intervient. Voir DSN et logiciel de paie.
Les autres absences
| Absence | Points de paramétrage |
|---|---|
| Accident du travail ou maladie professionnelle | Règles spécifiques de maintien, signalement DSN |
| Maternité, paternité, adoption | Subrogation fréquente, règles de maintien conventionnelles |
| Congé sans solde | Réduction du salaire, effet sur les compteurs de congés |
| Absence injustifiée | Retenue proportionnelle, méthode de calcul |
| Jours fériés, ponts | Selon la convention et l'accord d'entreprise |
| Temps partiel thérapeutique | Complément IJSS, règles de maintien |
| Activité partielle | Règles et indemnisation spécifiques, déclaration à l'administration |
La retenue pour absence se calcule selon une méthode précise (jours calendaires, jours ouvrables, jours ouvrés, 30e, heures réelles). La méthode doit être cohérente avec la convention collective et la pratique de l'entreprise : le logiciel doit permettre de la choisir et de la documenter.
Exemple de retenue pour absence
Exemple illustratif (valeurs fictives). Salaire mensuel de 2 400 € pour un salarié à temps plein, absent 2 jours ouvrés non rémunérés dans un mois comptant 21 jours ouvrés. Méthode des jours ouvrés : retenue = 2 400 × 2 / 21 = 228,57 €. Avec la méthode du 30e en jours calendaires pour 2 jours : 2 400 × 2 / 30 = 160 €. L'écart de près de 69 € tient uniquement à la méthode. Le choix doit découler de la convention collective ou d'une règle d'entreprise appliquée de façon constante : demandez conseil en cas de doute. Un logiciel doit exposer clairement la méthode retenue.
Jeu de cas pour tester un logiciel
Lors d'un essai, faites traiter ces cas :
- Un salarié qui prend cinq jours de congés payés au milieu d'un mois.
- Un arrêt maladie à cheval sur deux mois avec subrogation et maintien conventionnel.
- Un salarié qui part en cours de mois avec solde de congés et solde de tout compte.
- Une absence non rémunérée suivie d'un retour partiel.
- Une entrée en cours de mois avec acquisition au prorata.
Comparez chaque résultat avec un calcul de référence. Reprenez les étapes d'essai.
Ce que le logiciel ne décidera pas à votre place
Même un excellent outil ne choisit pas pour vous la règle applicable : c'est votre convention collective, un accord d'entreprise ou un usage qui fixe les durées de maintien, les jours de carence conventionnels ou les jours de congés supplémentaires. Paramétrez-les avec précision, voir convention collective et paramétrage. Une erreur de paramétrage se répète chaque mois et peut générer un contentieux.
Cas du solde de tout compte
À la fin du contrat, le dernier bulletin comprend l'indemnité compensatrice de congés payés non pris, calculée selon la règle la plus favorable, avec les autres éléments dus (indemnités de rupture, prime proratisée). Le salarié signe un reçu pour solde de tout compte, qui peut être dénoncé dans un délai de six mois. Le logiciel doit produire l'ensemble de ces éléments et la DSN de fin de contrat.
Erreurs à éviter
- Mélanger jours ouvrables et jours ouvrés dans les compteurs.
- Oublier le signalement d'arrêt de travail en DSN.
- Ne pas vérifier la mise à jour des règles de congés après une évolution légale.
- Appliquer une méthode de retenue différente selon les salariés sans raison.
- Paramétrer le maintien de salaire sans lire la convention collective.
Questions fréquentes
L'employeur est-il obligé de pratiquer la subrogation ?
Non, c'est une possibilité, parfois imposée par la convention collective. Elle demande de la rigueur dans le suivi des IJSS.
Les congés payés s'acquièrent-ils pendant un arrêt maladie ?
Les règles ont évolué en 2024 : vérifiez les conditions actuelles sur Service-Public.fr et dans votre convention collective.
Que faire si un salarié a trop de congés non pris ?
Voir les règles de report et de prise des congés, sur Service-Public.fr, et les accords applicables dans votre entreprise.
Sources
- Service-Public.fr — congés payés, maladie et maintien de salaire
- Légifrance — Code du travail
- Ameli — indemnités journalières de l'Assurance maladie
